隆安三年（公元399年）秋，道教首领孙恩趁机聚众反晋。隆安五年（公元40年），孙思以兵士10余万，船只2000多艘进攻建康。与晋廷所派刘牢之决战于京口，孙恩大败，损失惨重，再次退人海岛。元兴元年（公元402年），孙恩举军攻临海，失败后投海自杀。