第一部分
记游山所见的景物和经过，是记叙部分。可以分为两层。（第一、二段）
第一层（第一段），介绍褒禅山概况。
文章紧扣题目，以“褒禅山亦谓之华山”一句起头，点明作者所游的地方是“褒禅山”，以及这座山的另一个名称“华山”。由这句的“褒禅山”一名引出褒禅山名称由来，点出禅院。写禅院，既证实褒禅山名称由来，又引出“距其院东五里”的华山洞。写华山洞的位置和命名缘由，为下文写游华山洞作交待，其中写华山洞命名缘由又与开头一句照应。记仆碑文字，循名责实，辨“华山”误读，不仅回应开头一句，证明褒禅山本名“华山”，亦即“花山”，也为后文的议论伏笔。记叙的景物由禅院到华山洞，再到仆碑，反映了游览行踪。全段以山名起始，以考证山名结尾，在内容上环环相扣。
其实作者自己也犯了个错，“华山洞”其实应为“华阳洞”，不过现在依旧保留原文，不加修改。
第二层（第二段），记游华山洞的经过。
先略述前洞和后洞的概况，突出前洞与后洞迥然不同的环境特征，以及游前洞之易与游后洞之难，揭示一般游人就易避难的心理，为后文“夫夷以近，则游者众；险以远，则至者少”伏笔。
然后详记游后洞的经过。“余与四人拥火以入”，点明了与人同游，这才有入洞以后诸人的不同反应。写经过时，对所见景象，只异常简括地记下“入之愈深，其进愈难，而其见愈奇”，用连锁句式说明入“深”、进“难”、见“奇”的递进式因果关系，为后文借景喻理提供依据。
随着入洞之深而“其见愈奇”，下文本应叙写乘兴而入，寻幽访胜，领略“奇”景。不料，却中途退了出来。游洞至此结束。
作者又补叙了两点。一是“盖予所至……则其至又加少矣”，一是“方是时……而余亦悔其随之而不得极夫游之乐也”。这两点补叙为下文借事喻理提供了依据。写出洞后的心情，突出一个“悔”字。因为当时“力尚足以入，火尚足以明”，却“与之俱出”，“不得极夫游之乐”，由此而“悔”，并因“悔”而引出下文。
第二部分
写游山的心得。这是文章的议论部分，可以分为两层。（第三四、段）
第一层（第三段），写游华山洞的心得。这一层是全文的重点。
以“于是余有叹焉”一句承上启下。“叹”字承上文的“悔”字，领起全段，自然地转入议论。
作者先借托古人，说古人游览观赏“往往有得”，是因为他们“求思之深而无不在也”。以此表明作者在下面所要说的观察所得，不是随意的，而是以古人的“求思”精神为依据和标准，经过深思而悟出来的。
以下以游洞为喻，以“有志”为中心，进行逐层论述，阐明宏伟的目标、险远的道路和“志”“力”“物”之间的内在联系。
“夫夷以近，则游者众”，照应“其下平旷，有泉侧出，而记游者甚众”；“险以远，则至者少”，照应“由山以上五六里，有穴窈然，入之甚寒，问其深，则其好游不能穷也”。两相对比之后，紧接着指出“而世之奇伟、瑰怪、非常之观，常在于险远，而人之所罕至焉”，照应“入之愈深，其进愈难，而其见愈奇”。这里以景喻物，用“奇伟、瑰怪、非常之观”比喻某种最高成就的境界。但这种境界“人之所罕至”，不是每个人都可以达到的。
怎样才能达到呢?作者提出了三个“不能至”：“非有志者不能至也”，“力不足者，亦不能至也”，“无物以相之，亦不能至也”。这三个“不能至”表达了三层意思，提出了达到目的的三个必要条件：“志”“物”“力”。在提出“志”这个条件时，用两个否定词构成双重否定，强调“有志”；在提出“力”和“物”这两个条件时，又分别把“有志”作为基本前提，也强调了“有志”。这就揭示了三者之间的辩证关系，首先要有“志”，其次要有“力”，再次要有“物”，把需要坚定的志向、不断的艰苦努力又需要一定的物质条件才能完成一种理想追求的道理，说得相当清楚、完备而透彻。三个“不能至”的三层意思，是按照三个条件的重要性依次排列的，逻辑十分严密。
这三个条件缺一不可，都不是充分条件而是必要条件，而其中“志”又是最根本的。所以作者又对“志”的重要性，作进一步的强调和申述。“然力足以至焉，于人为可讥，而在己为有悔”，是说有“力”而无“志”，因此未达到目的，这会被人讥笑，自己也会悔恨；“尽吾志也而不能至者，可以无悔矣，其孰能讥之乎?”指出只要“尽吾志”，虽然不能达到目的，也可以无讥无悔。通过对比“力足以至”而未能至和“尽吾志也而未能至”两种情况，得出“可讥”“有悔”和“无悔”“无讥”两种结果。这一正一反的两层意思，照应“既其出，或咎其欲出者，而予亦悔其随之而不得极夫游之乐也”，突出了“有志”的决定作用，并且提出“尽吾志”，即全力以赴、坚持不懈的高标准要求，从事物的规律性归结到人的主观能动性，把所议论的道理推进一层。
最后，以“此余之所得也”，收束这一段议论，归结到作者思想上的收获，回应“古人之观于天地、山川、草木、虫鱼、鸟兽，往往有得，以其求思之深而无不在也”。这段议论以古人“有得”始，以自己“所得”终，前后呼应。
第二层（第四段），借仆碑抒发感慨，提出治学必须采取“深思而慎取”的态度。
这一段与第一段记仆碑文字和订正读音相照应。先由所见的仆碑引出感慨，指出由于“古书之不存”，致使后人以讹传讹。“何可胜道也哉”，这是从个别到一般，由“华山”的“音谬”概括出社会上辗转讹误，相沿失实的普遍情况。针对这种情况，提出“学者不可以不深思而慎取之也”，这是从具体到抽象，概括出研究事物必须去伪存真的道理。这段议论一正一反：从反面加以否定，批评“谬其传而莫能名”；从正面加以肯定，强调“深思而慎取”。
第三部分
是记游的结尾，补叙同游者的籍贯、姓名和作记时间，以及作者籍贯、署名。这是写游记常用的格式（第五段）